醫院污水處理過(guò)程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進(jìn)行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學(xué)藥劑消毒、γ射線(xiàn)消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽(yáng)能?；蛘哂梅贌ㄌ幚恚ㄒ?jiàn)污泥焚燒）?；瘜W(xué)藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時(shí),有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時(shí)，污泥的pH值達到12后，保持半小時(shí)以上，效果好。γ射線(xiàn)消毒可用60鈷或一些裂變產(chǎn)物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬(wàn)倫琴。用此法對污泥消毒不產(chǎn)生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。

對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過(guò)混凝沉淀(過(guò)濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過(guò)大對環(huán)境產(chǎn)生的不良影響。 醫用污水處理的強化處理一般采用混凝沉淀、過(guò)濾、氣浮等工藝。過(guò)濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導致二次污染。所以醫用污水中一般采用混凝沉淀工藝。

根據國家環(huán)?？偩值挠嘘P(guān)規定（國家環(huán)?？偩?醫院污水處理技術(shù)指南.2003.12（環(huán)發(fā)（2003）197號 ），將各類(lèi)醫院按性質(zhì)分為綜合醫院和傳染病醫院兩類(lèi)，與衛生系統對醫院及醫療機構的劃分方法有差別。其中傳染病醫院指傳染性疾病專(zhuān)科醫院和帶傳染病房的綜合醫院，綜合醫院為不帶傳染病房的綜合醫院和各類(lèi)非傳染性疾病的專(zhuān)科醫院。醫院污水凈化包括綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫院和專(zhuān)科醫院（傳染病醫院（包括結核病院）、心血管病醫院、腫瘤醫院、口腔醫院、婦產(chǎn)科醫院和精神病醫院等等）各類(lèi)醫院污水的處理，同時(shí)也包括療養院、康復醫院等其它醫療機構和獸醫院的污水處理工程。